室内排水系统的任务是将自洁卫生设备和生产设备产生的污水以及落在屋顶上的雨水和雪水迅速排入室外排水管道，同时防止室外排水管道中的有害气体、恶臭和虫害灯进入室内产生微生物污染，为室外污水的处理和综合利用提供便利条件，因此 ，洁净区的排水系统也极为重要 。
制药业产生三种类型的污水：
（1）生活进行污水主要包括中国卫生洁具、洗手设备设施、淋浴设施等排出的污水 ；
（二）生产废水是指生产过程中产生的污水和废水，包括设备和容器的洗涤水 、冷却水等 。
（3） 雨水包括屋顶上的雨水和融化的雪水。
室内排水系统一般采用分体系统 。除《生活污水及排水设计规范》（tj13-74）外 ，还必须符合GMP的有关规定 。主要措施如下：
（1）不应在100级洁净室安装水桶及地台排水渠 。10000级洁净室应避免安装水桶及地漏 。在其他类别的洁净室，应尽量减少水桶及地面排水渠的数目；
（2）在洁净室与下水管连接的设备 、清洁用具和排水设备的出口下方，必须设置存水弯或水封；
（3）设在洁净室的地漏，要求不同材质不易腐蚀（内表面光洁，例如不锈钢材料） ，不易结垢，有密封盖，开启一个方便，能防止企业废水处理废气倒灌，允许冲洗地面时临时开盖，不用时则将盖盖死，必要时还应能够根据自己产品生产工艺设计要求，灌以消毒剂消毒灭菌 ，从而影响可以得到较好地防止环境污染（现在我国国内已开发了学生这种传统医药发展工业的新型专用洁净地漏）；
（4） 质监部门和生产部门产生的酸碱废水也应设置专用管道，采用PVC（塑料管或ABS工程塑料管）引至酸碱处理装置 ；
总之，在洁净区尽量避免安装水桶和下水道，无菌作业区绝对避免。如果需要安装 ，设计中应考虑其位置，以便于维护和清洁，从而最大限度地减少微生物污染。
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